Seita, jeune ado de 14 ans, et sa petite sœur, Setsuko, perdent leurs parents lors du bombardement de Kobe au Japon. Orphelins, ils décident d’aller vivre chez leur tante qui habite à une dizaine de kilomètres de chez eux. Celle-ci leur fait comprendre que les temps sont durs et qu’ils doivent mettre la main à la pâte pour manger à leur faim. Seita et sa petite sœur décident de ne pas rester chez la tante ; ils se réfugient dans un fortin déserté. Ils y vivent des jours heureux et leurs nuits sont illuminées de milliers de lucioles, jusqu'à ce que le manque de nourriture se fait sentir.